仕事中にJavaプログラムをコンパイルして、jarファイルを生成しなければならないところで、以下のようなエラーが出た。
Resource is out of sync with the file system
理由がよくわからなかったので、調べてみたら以下の方法で解決することができました。
Eclipseでファイルを編集しながら外部のツールでもファイルを編集すると、Eclipseの方の編集画面に"Resource is out of sync with the file system"と表示されてしまい、ファイルが編集できなくなるときがあります。
(中略)
Window > Preferences > General > WorkspaceのRefresh automaticallyにチェックを入れて解決しました。
Eclipseでファイルを開いたときにResource is out of sync with the file systemと表示されるエラーの解決 - 森薫の日記
ファイルシステムとの同期
Eclipseはワークスペース内のファイルを仮想的なファイルシステムでキャッシュして扱うらしい。このため、場合によっては、物理的なファイルシステムと同期を取る必要があるみたいです。
Eclipseは仮想ファイルシステムのような仕組みでファイルをキャッシュしていますが、実際のファイルシステムと同期を取るために「更新」を実行する必要があります。
しかし、Eclipse3.0からは自動で更新できるようになっていました。[設定]-[一般]-[ワークスペース]の「自動的に更新」（上から2番目）をチェック、です。
ファイルシステムの自動更新 - argius note
